2025-04-10 23:31

#25.ビッグデータの現実と夢

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前回の「腸内細菌」の話を入り口に、「データ」とか「相関」とか「因果」について、徒然なるままに話しています📈 AIが発展したら研究はどう変わるの?などなど、思ってること、気になってること、感想など、お気軽に コメントお待ちしてます💬 Spotifyの方はコメント機能、Appleなどその他の方は ⁠⁠⁠⁠お便りフォーム⁠⁠ 、またはXで #のーふー をつけてポストしてみてください!🙇

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サマリー

このエピソードでは、腸内細菌とビッグデータの関係を探ります。腸内細菌の多様性や健康への影響をデータ解析の観点から考察し、AIや次世代シーケンサーの進展が生物学研究に与える影響を示します。ビッグデータの活用が進む中、因果関係の理解が研究において重要であることが強調されています。特に、相関関係を用いた実験の必要性と、その結果から得られる示唆の重要性について深く考察されています。

腸内細菌の重要性
ゆと
KNOWフードラジオ、農学学授税TTです。 農学ビギナー、ゆとです。
農TT
KNOWフードラジオ、略してKNOWフーは、元農学研究者と一般消費者が、食べ物に関するビジネスや科学技術の雑談を通して、なるほどなってなる番組です。
ゆと
ちょっと変わった? 雑談を通して。 間違い探しみたいな。
農TT
ということで、ちょっと前回の… 続き? 続きというか、ちょっと前回から染み出た話で。 関連というか。
前回が科学系ポッドキャストの日、テーマ保険ということで、花粉症とそれを治す食べ物みたいな話をしたんですけども。
花粉症と腸内細菌が関係あるというので、俺の腸内細菌を調べたんですけども。
おさらいね。 良い菌もたくさんいるし、悪い菌もたくさんいるし、どうすればいいんだってなっちゃったっていうことですと。
で、俺それでも腸内細菌ってすごいよなっていうなんか、本能的には感じてて、好きなんですよね。
ゆと
ロマンガねって言ってたもんね。
農TT
で、腸内細菌をなんて気に入ってるかっていうのを今俺の頭の中で思ってることがあって。
ゆと
腸内細菌をなぜ気に入ってるかって話?今日は。
農TT
あ、そこからちょっと掘ってこうと思うんだけど。
ゆと
あ、切り口ね。
農TT
で、一つは健康にいいとか、食べ物で改善できそうみたいな腸内細菌。
まあそういうのもあるんだけど、一番気に入ってるのはもうあのビッグデータ感。
ゆと
あー、数がねえげつない。
農TT
で、1000種類もいてさ、で、あなたには1000種類、1から、ナンバー1からナンバー1000までいます、種類が。
でも別のあなたはナンバー1からナンバー900までいるんだけど、901から1000はいませんとか、
別のナンバー2000から2100がいますとか、もうすごいじゃん、複雑さが。
データ解析の進化
農TT
っていうのは、10年前じゃ絶対もうそんなバランスとかできなかったと思うんだよね。
ゆと
そうなんだ。
農TT
研究。
ゆと
この10年なんだ。
農TT
いや、わかんない。微生物界ではわかんないけど。
どちらかというとITとかも込みで、IT実験機器とか、そっちも込みで言うとね。
なるほどね。
まあ10年はいすぎかもしれない。20年ぐらい遡ったらできないって話かもしれないけど。
でもだんだんデータ解析のほうもAIとかAIじゃなくても、
ゆと
進化してるね。
農TT
CPUがレベルアップしてきたりとかさ。
ゆと
すごい速度で。
農TT
すごい速度で計算できるようになってるし、
多分それに伴ってやっぱり実験機器、例えば微生物のDNAとかゲノムとかそういうのを解析する機械も登場してきたり、
元々あったものが安くなってきたりしてると思うんだよね。
次世代シーケンサーとかっていうのが。
ゆと
次世代。
農TT
俺が学生だったときにすごい話題になってて、
今までよりも安価に遺伝子情報を見れる、網羅的に見れるみたいな。
そういうのが15年前ぐらいで出てきてるから、
今はもっとすごいものがあるかもしれないし、もっと安くなってるかもしれないしと。
これから発展するんじゃないかっていうロマンを感じてるんだよね。
ゆと
思想、思想。
農TT
俺もそういう実験好きなんだよね。
ゆと
データ分析的な好きだもんね。解析みたいな。
農TT
例えば農業的に言えば、天気と収穫量とかね。
こういうのもさ、多分できるんだよね。
ゆと
やりやすくなってきてると。
農TT
例えばだけど、お米を47都道府県で作ってるとして、
47都道府県の米の成績と47都道府県の天気。
これを過去50年分取ったとして。
何回言えることありそうじゃん。
めっちゃ多いデータだね、確かに。
実際には47都道府県じゃなくて、もっと細分化すればもっとデータの数増やせるし。
もちろん途中で農業技術が発展したとかいうノイズになっちゃう情報もあるけどさ。
そういうのも加味してできると思うんだよね、今の解析だと。
因果関係と相関関係
ゆと
そうね。
農TT
というのがね、すごいなと思って。
だから今の天気の話で言うと、
お米作りは5月の気温が大事ですとかそういうのが見えてくるわけでしょ。
ゆと
解析の結果ね。
農TT
そう。
で、さっきの花粉症だと、こういう菌が花粉症の症状と関係がありますとか。
こういうのが出てくるんだよね。
ゆと
っていうのはロマンなんだよ。
確かにさっきの苗字しか分からないが、もっとね、パッと分かるし、どれが原因かも分かってる状態みたいな。
農TT
そう。じゃないんだよっていう話があって。
ゆと
じゃないんですか。
農TT
今言ってきた話って、ビッグデータみたいなのって基本的に相関関係を見てると思うんだよね。
相関関係。
ゆと
何かと何かの。
農TT
花粉症がひどい人にはこういう微生物がお腹にいっぱいいると。
バクテロイデスがいっぱいいますと。
ゆと
相関関係じゃん。
YイコールナX的なね。
因果関係じゃないんだよね。
そういうことね。
そういう意味の相関関係。
いわゆる卵が先か鶏が先かみたいな話で。
鶏卵問題だ。
農TT
さっきの話だと、俺はアレルギー体質なので、アレルギー体質だからお腹にバクテロイデスという微生物が多いのか。
ゆと
逆なのか。
あるいはお腹にバクテロイデスが多いから俺はアレルギーなのか。
農TT
これ分かんないんだよね。
ゆと
分かんないんだ。
農TT
分かんなくない?だって。
ゆと
分かんないね。
時々刻々と取っているデータまで含まれてあれば分かりそうだけど。
長年の。
農TT
毎日。長年の。
花粉症発症する前後とかね。
決定打にはならない気がするんだよね。
ゆと
そうか。
農TT
これはなんか俺がちょっと古いのかもしれないんだけど、
こういうビッグデータ的な実験って30年前はあんまりなかったと思うんだよね。
はい。
20年前とか。20年前ギリあったかもしれないけど。
ゆと
パソコンが動かないみたいなね。
農TT
そうそうそう。
それまでの実験の主流ってやっぱり対象実験だったわけだよね。
ゆと
比較。
農TT
これがあった場合、なかった場合。
ゆと
やった場合やらなかった場合。
農TT
花粉症がひどい俺のお腹にバクテロイデスがいると。
これの因果を示そうと思ったら、
俺のお腹からバクテロイデスを引っこ抜いたら、
俺がアレルギーじゃなくなったっていう実験ができれば、
引っこ抜かれたバクテロイデスが本質だったんですねっていう。
ゆと
原因だったんだってなるね。
農TT
逆に引っこ抜いたのにまた出てきたって言ったら、
俺の体質がこのバクテロイデスをもたらしているという。
ゆと
そういうことか。引っこ抜いてもまた増えたってことね。
引っこ抜いても戻しちゃったら。
増えるし症状も変わらないと。
農TT
やっぱり因果関係を示そうと思ったら、
こういう引き算みたいな実験が成功法なんだよね。
ゆと
差分がね。
確かに。
農TT
足し算でもいいけどね。
足し算。
俺がビフィズス菌を摂取したらとか、
人がビフィズス菌を摂取したら花粉症が改善しましたっていうね。
これも足し算だけど。
ゆと
確かに。
もしこうなったらみたいな。
農TT
もしビフィズス菌があったら、
もしバクテロイデス菌がなかったらっていうのができないと、
因果関係ってわかんないんじゃないかなって思ってるんだよね。
確かに。
因果関係が示せないと何がいけないのかっていうのをちょっと考えていきたいですね。
ゆと
ニワトリ卵?
農TT
そう。
さっきの花粉症の例だと、
俺の中にバクテロイデスがいるのに因果関係がわかんないと、
ゆと
悪いやつね。
農TT
それこそ治療法とかがわかんないんじゃないかなと思っていて。
ゆと
うん、そうね。
農TT
だから、今まあゼッカ免疫治療してますっていうのってまた腸内細菌全然関係ないアプローチなわけだけど、
ゆと
前回の最後のね。
農TT
でも腸内環境アプローチでいくと、
例えばバクテロイデス族を殺菌する薬とか、
ゆと
はいはい、服用してね。
農TT
飲むみたいな解決法もありそうじゃん。
はいはい。
で、それで俺がバクテロイデスを殺菌剤を毎日飲んだとしてさ、
バクテロイデスは俺のお腹からいなくなりました。
はい。
でも実はそう感はあったけど、因果が逆で、
はい。
俺の体質のせいでバクテロイデスが結果的に増えてた。
アレルギーの俺がバクテロイデスを増やしてたんだったら、
薬、殺菌剤でバクテロイデス殺してもさ、
ゆと
うん。
農TT
全然意味ないじゃないですか。
ゆと
確かに。
農TT
なんかいい例えないかな。
なんか、根本的なところにアクセスできてないってことになるんだよね。
ゆと
うんうん。
農TT
無理矢理例えると、火事だったら火の元を叩かないといけないじゃないですか。
そこが原因だから。
ゆと
はい。
農TT
で、結果としていろんなところが燃えたりするわけだけど、
今度また火事を気をつけようって思ったら、火の元が起こらないようにするでしょ。
ゆと
そうね。そうか。
ゼッカ免疫治療法的なのもそれとも違うっていうアプローチか。
農TT
そう、全然あれ腸内細菌っていう、もちろんなんかメカニズムとして腸内細菌かかってるかもしれないけど。
ゆと
ああ、いや、なんか根本を止めるっていう感じではあるけど、ならし療法みたいな。
農TT
でも根本オブ根本じゃないったら中流ぐらいな気がする。
ああ、なるほどね。
上流、中流、下流で言うと、あれぐらい飲みますみたいなのはもう下流。
ゆと
うん。表面上というか。
農TT
原因の下流、そう、表面上。
ゆと
うん。出た症状を抑えるみたいな。
農TT
で、中流は麻痺させるみたいな感じなのかな。
体を麻痺させる。
ゆと
うん。
農TT
で、上流は、じゃあなんか麻痺させるって言うけど、何を麻痺させてんだっけみたいな。
うんうん。
そもそも体が花粉症に反応するメカニズムって何だっけ、何遺伝子だっけ、何ていう微生物だっけみたいなところを叩きに行くのが。
ゆと
はいはい。根本叩いてるね。
農TT
上流なのかな。
ゆと
日の下。
農TT
ってなった時に、因果関係わかんないと全然上流に遡れないっていう。
ゆと
そうだね。
農TT
のはあるよね。
ゆと
そりゃそうだ。
農TT
そっか、そうだよな。
なぜなぜ分析とかあるじゃん。
なんかビジネス用語とかで、あのトヨタが5回繰り返せみたいな。
ゆと
そうなんだ、トヨタなんだ。聞いたことある?
農TT
あれもだから因果関係で行くよね。
ゆと
うん。相関だったらもうそこでなんかループみたいになっちゃうもんね。
農TT
そうそうそうそう。
ゆと
たどれてそうでたどれてない。
農TT
ね。
なぜ俺はポッドキャストをしてるんですか。楽しいからですみたいな。
ゆと
うん。
農TT
楽しいからポッドキャストをしてるんだよね。
ゆと
うん。
農TT
じゃあなんで楽しいんですか。ユドさんと喋るからですって。
うん。
それまた因果関係じゃん。
ゆと
うん。たどれてる風。
農TT
そうそう。で、これでどんどんたどっていくと、なんか本当はこういう理由でポッドキャストをやってるんだみたいなのね。
ゆと
うんうん。
農TT
見つかるはずじゃないですか。
ゆと
はい。なぜなぜだったらね。
農TT
ポッドキャストやってるって言うとちょっと分かりづらいかもしれないけど、ポッドキャスト辞めたいだったり日常がつまんないみたいな悩みをこう因果因果因果で持ってるってことね。
ゆと
うんうん。その原因が分かると。
農TT
そうそう。たまには気晴らしでもしっきなよみたいな解決策じゃなくて、それはお前仕事を辞めた方がいいとかさ。
ゆと
トラスティック。
農TT
会社の近くに住んだ方がいいとかね。そういう全然違う解決策が見つかったりするわけじゃないですか。
ゆと
はい。
農TT
より根本的な。
うん。
今の話でいくとたまには気晴らししないよって。永久に気晴らししないといけないからねこれ。根本的な原因がなくならない限り。
ゆと
そうね。普通のアレルギー薬はなんか気晴らしに近いね。
農TT
そうね。
ゆと
薬やめたら戻っちゃうから。
農TT
そうそう。やめたら戻っちゃうからね。
ゆと
そう。
農TT
やっぱアレルギー薬はやっぱ上流ではないね。
ゆと
そうですね。だから永久副用ですよ。
農TT
永久副用。でもなんか、あれかもね。アレルギーのその絶果免疫治療あれかもな、なんか。
喉元過ぎるのを待つみたいなの近いかもね。日常で言うと。慣れるみたいな。日々ストレスに慣れていくみたいな。
ゆと
スパルタだね。
スパルタっぽいけど飲むだけでいいからいいね、それも。
農TT
ストレスの話で言うと絶対やりたくないってなるけど。
因果関係の重要性
農TT
そうね。ストレスだったらこのジョーシカのパワハラを耐えるためにあなたに毎日これから少しずつパワハラを受け続けますみたいな。
ゆと
プライベートでもパワハラにね、ちょいパワハラを受け続けるみたいになっちゃう。
農TT
ちょっと今日のテーマ雑だったかもしれない。
ゆと
いいんじゃないですか、たまには。
農TT
俺が一番ね、今後深掘りしたいっていうか考えたいのが、ロマンで言うとやっぱりこの因果がわかんない実験、結果ってどうなっていくのかなっていうことですね。
ゆと
因果がわかるようになっていく手法なんか生まれるのかみたいな。
農TT
そうそう。そこから先どう踏み出すのか。
ゆと
ちょうど最近とかも相関関係はめちゃくちゃいっぱいわかると思うんだよね。
農TT
で、それの先どうするのみたいな。
ゆと
なるほどね。
農TT
特に引き算する、こいつが悪者だってわかったときにどういう手が打てるんだろうかっていうのが気になりますね。
ゆと
なるほど。わかった、その先。
農TT
この子がいいみたいな。
花粉症を発症してない人にはこういう菌があるっていうのがわかればね。
因果関係はわかんないけど試す価値あるかっていうふうにできるけどね。
花粉症が悪い人にこういう菌がいい。
ゆと
花粉症が悪い。
農TT
こういうの菌の消し方をまず開発しないといけないし。
消した結果因果のがのほうでしたみたいなね。
意味ありませんでしたとかなっちゃうからね。
研究側から見ると実験のネタめっちゃ増える気がしてきた。
ゆと
やってみようっていうことがね。
農TT
そうそうそう。
例えばさっき天気の話に戻るけどさ。
ゆと
はい。
農TT
お米の取れ高と天気って言ったときにさ、天気って試すってめちゃくちゃ選択肢あるんだよね。
ゆと
天気を試す。どういうこと?
農TT
天気って一言で言っちゃうけど、実はすごい細かくて。
まず天気って気温なの?っていうのがあるでしょ。
気温も最高気温なの?最低気温なの?平均気温なの?その最高と最低の差なの?とか。
ゆと
あと雨ね。雨の量なの?雨の日数なの?雨の頻度なの?とかね。
農TT
あと雨って言うけど実はそれって湿度が高いってことなの?
ゆと
あーなるほどね。
農TT
とか風なの?とかね。いっぱいあるわけですよ。風の強さなの?とかね。
ゆと
うん。普通に考えてもめっちゃ要素多いね。
農TT
そうでしかも農業のお米で言ったら4月の天気なの?5月の天気なの?6月1日なの?15日なの?とかね。
ゆと
成長のどのタイミングなのか。
6月って言っても4月が晴れてた時の6月なの?とか4月が寒かった時の6月なの?とかね。
むず。
農TT
こんだけ切り口があるから植物の生育と天気って数字だけで覆うと思うと無理なのよ。切り口がないと。
だからせめて因果関係わかんないけどそういう相関関係がありそうだっていうことが示せたら
ゆと
そっからターゲットを打って実験していけばいいんだよね。
やりがいがね。
っていう引き出しが増えるなっていうのは思ってた。
ゆと
相関まで見えるってことか。そっからは因果を確かめましょうっていう研究になると。
データ分析の新たな視点
農TT
因果関係を確かめる、実験するにも例えば予算とかを取るのに上司の上人とかいるわけじゃん。
ゆと
はい。
農TT
その時にこの収穫量とこの時期のこれが相関関係があるっていうデータが出ててやろうと思ってますみたいな。
ゆと
説得力あるね。
農TT
あるいは相関関係の高い上位5つについてすべて実験してみますとかね。
はい。
そういうことが言えるからね。
ゆと
なるほど。
農TT
それがないと教科書に書いてあることを上回ったこと、新しいことがわかんないとかね。
ゆと
うんうん。
農TT
今まで通りの何かよくある仮説になっちゃうみたいなね。晴れてた方が高豪勢が盛んになって。
ゆと
はい。わかるぞ。
農TT
収穫量が増えると思いますみたいな。
ゆと
俺もそう思う。
農TT
そうだろうとかね。みたいになっちゃうからね。
俺そういうのやりたかったんだよね。
ゆと
なるほどね。
農TT
最後、研究者時代最後の方ね。
ゆと
面白い。なるほどね。
農TT
はい。ということでごめん。ちょっとつれずれなるままに喋ってしまった。
ゆと
つれずれなるままにだね。
はい。
農TT
まとめると。
ゆと
まとめると。
農TT
ビッグデータからはたくさんの示唆がもたらされそうってことでいいですか。
ゆと
もたらされそう。
そうね。相関はデータなりAIはめっちゃ得意そうだもんね。
農TT
そう。でも示唆なんだよなあくまでも俺が思うに。
ゆと
うーん。
農TT
そうかもしれない。
今後の展望と予告
ゆと
でもなんかそういう論文学生時代めっちゃ読んだ気がするわ。相関が見られた、示唆されるって言われるやつ。
農TT
そうそうそう。
それめっちゃ大事で俺が今回見てた花粉症の各種記載その企業のホームページとか。
はい。
花粉症に効果があると言われていますっていう結論だったり。
ゆと
うん。言われています。知らんけどみたいな。
農TT
バクテロイデスという菌は花粉症の症状がある方に存在する微生物でありとか。
ゆと
はい。嘘はついてる。
ちゃんと書いてあるのよ。ちゃんとその曖昧な自信ない感じで書いてあるのよ。
農TT
でもこれを拡大解釈して、あ、花粉症の原因ってこの菌なんだってなったりとかね。
ゆと
あー。
農TT
あるいは伝言ゲームでさ、元の論文にはそうやって書いてるのにこういうポッドキャスタ番組とかYouTubeとかが。
ゆと
はい。こういう。
農TT
そう。ちょっと違う表現でね。
ゆと
微妙にね。
農TT
説明しちゃったりすると、あ、そうなんだっていうね。できるだけ俺あんまりその。
ゆと
正しい。
農TT
何かを拡大解釈しないにはしようとしてるけど、そういうのには気をつけましょうっていう感じだね。
ゆと
気をつけましょう。
農TT
視察と事実は違う。
ゆと
そうね。
農TT
相関関係でわかるのは仮説までっていうことですね。
ゆと
うん。いいっすね。
農TT
なのでちょっとこんなとこです今日。
こんなとこですか。
いやーもうちょっとあれでしたね。
ゆと
あれですか?
農TT
まあいいや。俺は相関じゃないわ。データが好きだっていうことだけ。
で、何なのっていうのを今後の宿題にしたいと思います。
はい。で、何なの。
で、ちなみに。
ゆと
ちなみに。
農TT
本日このエピソードの配信が4月9日なんだけど。
9日。
来週4月16日は。
はい。その次の週。
今度はね、農業っぽい話をしようと。
ゆと
農業っぽい話。
農TT
出ます。はい。サステナ農業っぽい話をしようと思っていて。
ゆと
得意のサステナ。
農TT
はい。あのね、4月22日がアースデイっていうことで。
ゆと
またその次の週。
農TT
うん。この地球のことを考えましょうみたいなね。
はい。
日が来るのでちょっとその前に農業と地球みたいな話をできればいいなと思ってます。
ゆと
それっぽい話はね、過去もしている気もしますが、また違った切り口で。
農TT
違う。もうまた違った切り口ですね。
今まで使ったことないあのワードに。
ゆと
あの。わからない。
農TT
はい。
ゆと
あのワード。
農TT
ネイチャーポジティブっていうやつのね。
ゆと
聞いたことない。
農TT
ちゃんと次は話しますから。わかる言葉で。
ゆと
訳せるのに。
農TT
訳せるのにわかる。全部聞こえたのにっていう。
ゆと
バッテリー図。
訳せるのに。
農TT
はい。ということで今回はここまででございます。
ゆと
はい。ありがとうございます。
農TT
最後までご視聴いただきましてありがとうございました。
ゆと
ありがとうございます。
農TT
この番組ではお便りも募集してますのでぜひぜひ概要欄を見て、
X。
ゆと
見てください。
農TT
Googleフォームなどでコメントください。
ゆと
お待ちしてます。
農TT
それではさようなら。
ゆと
さようなら。
ポッドキャストシンポジウム
農TT
大阪梅田でポッドキャストのイベントがあります。
その名もポッドキャストシンポジウム2025。
出演ポッドキャストはサイエントーク。
ゆと
夜の農家。
農TT
工業高校農業部。
ママが自分を取り戻すラジオ。
ゆと
ものづくりのラジオ。
農TT
関西周辺を拠点に活動するポッドキャスターが集まります。
4月12日土曜日夜の開催です。
会場チケットと配信チケットは好評発売中です。
詳細はポッドキャストシンポジウムイベント公式ページをチェックしてください。
イベントでぜひお会いしましょう。
23:31

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