2025-08-05 57:58

#55 バイオ系最高峰の学術誌Cell誌に論文出すってどういうこと?中身でなく外身を聴いてみた!【UCSF 山田さん 前編】

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2025年8月は、#アメゴー 1周年記念🌟Special month ”Cheers! 🍻 to our San Francisco supporters!”開催★

今回はUCSF、Wendell Lim labのポスドク研究員「山田俊理」さんをお迎えし、アメリカ留学の経緯や、Cell誌に論文を発表するに至るまでのプロセスを伺います!

🗽トピック🗽 

研究キャリアと専門分野の変遷/海外ポスドク先選び/Cell論文の発表とリビジョンプロセス


★山田さんの論文

Yamada, T., et al. (2025). Synthetic organizer cells guide development via spatial and biochemical instructions. Cell 188, 778-795.e18. 


★山田さんからの告知

 1. 実験医学4月号に自身の論文内容を日本語で解説した記事が掲載。

https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/articles/index.html?ci=187700


 2. 8/14 0am JST- Development presents… stem cells and organoids (英語、録画あり)での発表

https://thenode.biologists.com/development-presents-stem-cells-and-organoids/development-presents/


 3. 日本分子生物学会での招待講演

セッション番号:3PS-05

セッションタイトル:全能性細胞における細胞運命制御機構

オーガナイザー:石津 大嗣(慶應義塾大学)、原田 哲仁(九州大学)

開催日時:12月5日(金) -

会場:第05会場(パシフィコ横浜 会議センター 3F「304」)

講演言語:日本語 / Japanese


#分子生物学

#セカンドポスドク

#合成生物学

#研究留学

#海外研究生活


本配信は個人的な見解であり、所属する組織とは全く関係ありません。


★番組のX ⁠⁠⁠@ANG_2024⁠⁠⁠

⁠⁠⁠メッセージはこちら⁠⁠⁠

★パーソナリティ ⁠⁠⁠NAKAMURA ⁠⁠⁠

★雑務 ⁠⁠おニューのわら人形⁠⁠

★オープニング: ⁠⁠⁠Trick style(まんぼう二等兵様)⁠⁠⁠

★エンディング: ⁠⁠⁠Night trip(Make a field Music様)⁠⁠⁠

★ジングル:

気分一新 (otologic様)

サマリー

UCSFの山田俊道さんとの対談では、彼の学術的背景や研究内容、特に化学と生物学の交差点に焦点が当てられています。また、テニスを通じた文化交流や、サンフランシスコの日本人コミュニティにおける経験についても触れられています。このエピソードでは、UCSFの研究者がCell誌に論文を発表する意義や、研究における分子の観察方法について語ります。また、アメリカでのポスドク経験や、科学者としてのキャリアパスの選択についても触れられています。UCSFでのバイオ系の研究環境や論文提出のプロセスが中心に語られています。特に、シンセティックバイオロジーのアプローチと、幹細胞からオルガノイドを作成する研究に焦点が当てられています。このエピソードでは、Cell誌に論文を投稿するまでのプロセスについて、UCSFの山田さんが自身の経験を語ります。特に、研究データの収集からフィギュア作成、エディターとのやり取りに至るまでの詳細が紹介されています。今回のエピソードでは、UCSFの山田さんがバイオ系最高峰の学術誌Cellに論文を出す意義や、その外見について話しています。また、今後のセミナーや自身の研究発表についても告知されています。

アメリカ研究留学の魅力
アメリカンナイトGOLD
アメリカからこんばんは、NAKAMURAです。この番組は、アメリカ研究留学4年目を迎えた私、NAKAMURAが
ゲストとお話ししながら、アメリカ留学の魅力を再発見し、お聞きのあなたにお伝えすることを目指しています。
最近、僕、ジムにハマってはいるんですけど
ジムとは別で、テニスを最近軽く始めまして、父親が
テニスの顧問なんですよ。高校の。昔からソフトテニスなんですけど、ソフトテニスは若干やってて、できるんですけど
たまたま出会った僕のビルディングの2階にいる、何知らないけど、ヨーロッパ系の人が
「えい」って言って、「な、何?」って言ったら、「テニスやる?」って言われたら、「うん、やるよ、テニスできる。まあ、人並みぐらいにはできるよ」って言って
そしたら、「じゃあ、明日やるからおいでよ」って言われて、そっから毎週土曜
朝9時10時ぐらいから
ゴールデンエントパークの方に無料のテニスコートがあって
そこでテニス1時間ぐらいやるっていう感じで、公式ですけど
ラケットとか僕全部持ってないんで、貸してもらってやってっていう感じで、結構テニスはやっぱ面白いですね
やっぱりね、なんか
いつやってたの?俺中学生とか高校の時やって、遊びですけどね
それで結構、やっぱ力加減が難しくて
なんかね、テニプリとか見てるとさ
もうハイパワーでできるじゃんね。あんなことやったらホームラン撃っちゃうからさ
結構パワーをなんかだいぶ30%ぐらいにして撃たないと、どっか行っちゃって
だからそこら辺が難しいなと思うのと
あと全員と後援、ダブルスでやってるから、全員と後援で
未だになんか、全員は分かるんだよ、全員はなんか突っ切り勝手に動けばいい
後ろの人がサポートしてくれるから、だから後ろは
マジ全員が勝手に動かれると、何やっていいか、どこに行っていいか分かんないっていうのが
ちょっと苦しいんですけど、あと英語でのそのコミュニケーション、テニスで
なんかまあポイント取ったときはイエーイとも
ポイント取られた時とかミスした時とか、普通にボールなんか当たっちゃった時とか
日本だと、あ、ごめーんとか、なんか軽い感じで言えるけど
英語でこれ何て言うんだろうって思って
オーソーリーとか
それで今のとこは済ましてるんですけど、なんかそこら辺もなんかちょっと学んでいければなっていう
感じで、今いろんな外国人の人と遊んでるっていう感じです
今月8月雨後1周年記念スペシャルマンスとして
Cheers to our San Francisco supportersと銘打って
私たちにゆかりのあるゲストの皆様に毎週一人ずつ登場していただきます
今週はUCSFの山田俊道さんのお話を2回にわたってお伺いしていきます
山田さんの研究について
山田さんはポスドクの先輩として、また私たちが所属する
サンフランシスコの日本人コミュニティのバスの先輩としても
留学当初からお世話になっている先輩です。今週もよろしくお願いします
アメリカンナイトGOLD、Cheers to our San Francisco supporters
それでは今回のゲスト山田さんです
よろしくお願いします
山田さんよろしくお願いします。初めまして
そうですね、初めまして。ここでは始めます。山田さん自己紹介をお願いします
生まれも育ちも東京で、普通に東京で過ごして
東京って言っても、いわゆる山の線の方じゃなくて、もっと随分西側の方で育ちました
大学が東京大学の理科二類に進学して
2年生の時の新振りで理学部の化学科に進学して
そのまま修士博士で分析化学の大沢研究室というところに所属していて
そこで博士をとって
その後同じく東大の明見県というところへポスドクをして
2020年に
今UCSFのウェンデルリム県に
一応、僕と山田さんはUCSFのバースという団体で
一回手巻き寿司もごちそうになって
あったね、去年、去年かな
あれ良かったですね
やっぱサンフランシスコだからこそ手に入る刺身というか
あとあそこは美味しいよね
美味しかったですね、普通に
そんなに高くないし
そうそうそうそう
なかなかね、寿司、刺身があんまり美味しくないですもんね、こっち普通に買ったら
あんま買ったことないけどね、スーパーとかでね
寿司屋はたくさんあるけどね
寿司屋ありますね
食べたいけど
寿司屋は何かもう、何て言うんだろうな、寿司じゃないですけど
たまに行くぐらいにはいいかなっていうぐらいの
クオリティーですね
寿司屋さん行くの?
寿司屋さん、2、3回行きましたね
あ、ほんと
俺一回だけ行ったことあるんだけど
なんか、アモントレで
なんかね、あのね、刺身は美味しいと思うんだよね
あのなんか、普通に日本から輸入してるとか、あとまあ
どっかその、結構いいクオリティ使ってると思うけど、あと米がね、なんかね
おにぎりみたいな、あの米、なんか、何て言うのかな、なんか
何なんだろうね、なんか違うんだよね
確かに、水分がないんですかね
うーん、なんか寿司の詳しいことは俺よくわかんないけど、なんかほんとおにぎりの上に
刺身が乗っかってる感じで、なんかちょっと日本の寿司と違うんだよね
だってなんか魚とかはなんか結構、あの築地とかは豊洲から仕入れてるらしい
ああそうだよね、魚自身のクオリティは変わらない気がするよね
うんうん
もっと多分高級なお店行ったら美味しいんだろうけどね
一回だけ行ったんですけど、まあ普通、普通でした
そうなんだ、そう、高級なとこ行ったことないからな
なんか山田さんとちょこちょこセミナーでも会うんで
そうだね、でも俺あんまりなんかその、最初会ったのがいつだか覚えてないんだけど
いつあったのかな
鈴木潤司さんの送別帰ってきました
あ、いたいたいた、あのあざすね
あざすそこです、たぶん
ああ、あれいつ
あれが22年の8月で僕が来た直、直ですね
そんなんですか
ああ
でもそのときたぶんあんま喋ってないよね
そうっすね、あんま喋ってないですね
いや、たぶん山田さんと仲良くなったというか、仲良くなったのは
去年から今年にかけてすげえなんか距離が縮まった感はあるんですけどね
そっか、そうかもね、確かにね
なんかより、より距離が縮まった
普通に喋ってはいましたけど
距離が縮まったのはなんかここ1年ぐらいかなっていう感じがしますね
うーん、まあそうかもね
そうかもね、確かにね、最初あんま喋った記憶ないもんな
まあ飯食ったり、セミナーの後にちょっと雑談したり
ああ、そうだね、あとはファカリティジョブの一緒に聞いたりしたもんね
そうですね、ファカリティジョブに来てる人たちの発表を聞いて、その後に論評するっていう
そうだね、論評会してた
あの人通るかなーとか
そうだね、まだ決まってないよね
決まってないんじゃないですかね、聞いてないですね
おそらく出るのかな、今年
一応たぶん出るっていう話は聞いてます
ただ数が決まってない
まあいつも決まってないらしいですけど
いや、大変だよね
いや、すごい人ばっかだったんで
まあどこでも多分オファーはあるだろうなっていう
そうね、例年ならね
山野さんあれなんですね、化け学に、化け学だったんですね
そうそうそう、そうなんだよ
えっと、シンクリ、え、てか、リニーだったんだけど
リニーって生物系する?
そうそうそうだね、えっとね、そうだよね、そっからだよね
東大の場合、たぶん今もそうだと思うんだけど
リーチ、リニー、リサンってあって
まあリサンはわかりやすくて、リサンのあるコースで
リーチとリニーの違いは、自分の理解だと
リーチの方がどっちかっていうと物理数学系で
その工学部とかに行く人たちが多くて
リニーは生物要素が入ってきて
農学部とか薬学部に行く人が多いけど
まあでも一応別にリニーに入っても工学部行けるし
まあ一応どこでも行けるんだけど
枠としては、リニーの場合は農学、薬学に行く人が多い
結構そこ、自分のキャリアの中でもポイントなんだけど
結局なんかいろいろ迷ったといえば、化け学に行ったんだよね
東大、高校の時、大学入試も物理科学で
俺、別に生物やってないし
あ、そうなんですね
うん、そうそうだね
あんまり生物そんなに全然、高校の時とは興味ない
そもそもその中、英語を取ってないイメージって
もしかしたら違うかもしれないんだけど
生物とかどっちかっていうと、なんかこう
あ、あ、覚えるのが大事みたいな
まあ確かに、暗記科目っすよね
暗記科目、そうイメージがあって
俺、暗記あんま得意じゃないんだよね
いやいや
いやいや、本当に、本当に苦手
人の名前とかも未だに苦手だし
どっちかっていうと数学系の方が得意っていう
そうだね、得意っていうか
物理とか、そっちの方が考えればいいからというのは
確かに確かに
そうだね、だから物理
だから理人に入ったけど、入試の科目は物理化け学で
大学入って生物の授業も
そこまでなんか、そんなになんか面白いと思わなくて
で、迷った末
ただ物理は、なんかそのやっぱりなんか
素粒子とかなんかああいう方に出てくると
ちょっと、やっぱなんかついていけなくて
ちょっと違うなと思って
間を取って化け学で、暗記したから
化け学でそんな好きだったかっていうと
別にそうでもない気がするんだけど
その化け学専攻に行って何を研究したんですか
でも、化け学に行ったけど
かなり生物寄りのラボに入ってて
うちのその尾田先生のところでは
えっとなんていうのかな
ざっくりした感じで
まあ結構いろんなことやってるラボだったんだけど
自分のプロジェクトとしては
そのRNAのイメージング
わかる?
タンパク質ってさ、GSPくっつければ見えるじゃん
そうですね
でもRNAにGSPは直接はくっつけられないから
RNAとタンパク質だから
で、だから意外とトリッキーなんだけど
あのライブでね
そのRNAに結合するタンパク質に
その蛍光タンパク質をつけて
見るみたいなことをざっくり言うとそういうことや
そういう手法を開発する
ということをやっていて
でも結構なんかいろいろ混ざってますね
化け学も生物も工学もなんかいろんなやつが混ざって
いわゆるその化け学だと
なんていうのかな
多分有機合成して
例えばその蛍光の化合物を作ってみたいなのが
より化け学だと思うけど
それよりはだいぶ生物寄りだと
エンジニアリング寄りだと思う
あくまでタンパク質使ってるからね
それをずっと大学院までやってたんですか
そうだねそうだね
だいたいそうだね
あとそのもう1個ポイントが
自分の大学院時代のプロジェクトのポイントは
たぶんその1個は
そのRNAを標的として
それをライブセルでイメージングできるような
手法を作るっていうのと
あともう1個はその一分子レベルで見るっていうのが
多分もう1個キーワードで
やっぱりそこは化け学に行ったからだと思うんだけど
やっぱその細胞でも何でも
やっぱこう分子からなるじゃない
その一分子レベルなんですか
そうそうそうそう
1個の分子
1個のタンパク質
1個のあれね
それは結構昔から見ようと思えば見れるんだけど
その1個の分子
1個見てて
どうやって生命現象が見えるかっていうような
ことを考えてたかな
テニスと文化交流
それどうやって見るんですか
1個のそんなちっちゃいやつ
めっちゃちっちゃいですよね
ちっちゃいけど
普通の顕微鏡では見れないですよね
普通の顕微鏡では
光の当て方がたぶんポイントで
あとはその
なんていうのかな
ちっちゃいのよりも
結局1個のGSPの光をディテクトするっていうのと
あとはその
あとそのどっちかというと
いっぱいの多数の分子があると
その光は1個の分子から来てんのか
2個の分子から来てんのか
3個の分子から来てんのかっていうのを見分けるのが
どちらかというと難しいポイントで
結局感度を上げていけば
どんどんどんどん
1個でも弱い光でもディテクトできるんだけど
光の起点
塊がいったい何個の分子からなってくるかっていうのが
もうちゃんと1個の分子からなってますよって
見分けるのがポイントかな
ただRNAの場合はそんなに
その細胞の中にあるわけじゃないかな
比較的一分子見やすい
そうなの結構なんか
工学寄りな感じはしますけどね
うんそうだね
そうそう
あのねそこ
そうそうでまさにおっしゃる通りで
そんななんかね
だからやっぱり
今はだいぶ生物に興味持ってるけど
もともとはそこまで生物に興味がないっていうか
ポスドクとキャリアパス
バイオルギー自身にそこまで興味があったわけじゃないから
やっぱどっちかっていうとそういう
なんていうのかな
対象
研究の対象は生物だけど
鳥みたいなのは別にそんなに
特定の生命現象っていうよりは
分子みたいな
一個の分子の動き
っていうようなことを考えてたかな
でその後ポスドク
日本でポスドクやったんですか
そうそうそうなんだよね
結構長いし
長かったっすよねポスドク
そう普通ちゃんとその3年間やってたの
あのPD使って
そこはでも結構自分の中で大きくて
逆にその日本でのポスドクは割と
その分子生物学
典型的な分子生物学のラボで
RNAやってたから
RNAつながりって誘われてたんだけど
RNA結合タンパク質の
機能を解析するみたいなことで
本当にいわゆる多分普通の
多くの分子生物学者がやってるように
なんかノックダウンして
ウェスダウンして
QPCRかけて
RNAセクかけてみたいな
そういう一連の分子生物学のことやって
その機能を解析するみたいなことをやってて
結構そこをちゃんとやったから
今は別に分子生物学やってないけど
なんか生物の論文が読めるようになったのは
大きいかな
え、けどその工学寄りのやつから
いきなり生物なんで行ったんですか
それはそうだね
うーん
結構そのやっぱ
そのね
やっぱ工学
今思えば
なんか大学院のテーマは
そうちょっと失敗したなと思ってて
今の自分だったら
多分ちょっと違うふうに展開してたし
ちょっと違うようなテーマにしてたなと思うんだけど
やっぱちょっとね
結構そのRNAを見るってのは良いんだけど
やっぱ一分子から生命を語るってのは
結構難易度が高いんですよね
ごめんなさいそれどういうことですか
分子レベルで見るとさ
結構なんていうのかな
やっぱり基本的に分子って
物理化学の法則に従ってて
あのブラウンドとかさ
分かるでしょ
ビューって動くやつ
そうそうそうそう
ああいうのが何百何千って見るわけよ
そっからどうやってこうなんか
機能なんか生命現象を語るかって結構難しくて
問いとしては面白いと思うんだけど
機能としては難しいのか
例えばさ
分子生物学の手法で
例えばあるタンパク質の機能を知りたいって言ったらさ
まあなんかリン酸化なシグナルカスケードに落とし込んでさ
なんていうのかな
リン酸化を見たり
ノックダウンして表現系を見たり
まあいろんなやり方があるじゃない
でもそれを分子のレベルで考えるとさ
まあまずそのリン
まあただその一分子のレベルでリン酸化って
なかなか難しいし
俺もそういう技術までは持ってなかったし
まずはその分子生物学のポイントはさ
例えばなんかリン酸化されて
あるタンパク質が膜に行って結合します
みたいなモデルはよく見るけど
それってやっぱり一分子のレベルで見ると
一応そうでもないっていうかさ
なんていうのかな
一部の分子が基本的には極在していくだけだし
結合って言っても必ず化学並行状態だから
あくまでこう一緒になって離れて
そういう世界だから
一分子のレベルで見ると
結構やっぱりなんか全然見てる世界が違って
その一分子で見てるレベル
世界をと分子生物学が見てる世界って
だいぶかけ離れてて
このギャップを埋めるのは結構難しいし
ちょっと当時の自分にはなかなか
アメリカでの研究環境
でかすぎるって言葉だったなと思う
そこで一回生物やってみようってなったんですね
そうだねちょっと分野を変えてみようかなって思った
学進pd使ってたんですか
そうそう3年だよね
あれ3年もあるんだ
それで博士を卒業してすごくやって
2027年から2022年かな
何年までやってたんですか
2027年か2020年
そこからアメリカ留学しようみたいなのだったんですか
そうだねその論文
誰とか卒読やってるのが論文になりそう
高校したあたりぐらいから
どうしようかなっていう
あとは結構周りの人がすごい良かったなと思ってて
特に秋道県でも秋道県の人が周りにいる人が
ちょうど同世代の人がいて
2人俺自分の1年1個前に
ヨーロッパのほうに
ちょうど自分と一緒で博士と日本で
東大とか東大でとって
ご所属でいて
2人ともヨーロッパのほうに行ったけど
ヨーロッパのほうにご所属として旅立って
同僚がいたから
なんかそういう人たちとかよく喋ってて
なんか海外行きたいよねみたいな
そういう感じで話してたから
なんとなく海外っていう選択肢としてあったし
あと明光先生自体が確か
FNYだったかな
スイスのほうのところで留学経験があって
割とだから海外行くのを勧めてくれた
けどセカンドポスト国になるわけじゃないですか
そうだねそれはね俺もね
そこってハードルってどうなんですか
いや失敗したなと思うけど
うーんまあ別にどうなんだろうな
カウントストック自体はそんなに
いやどうなんだろうね
結構多分UCSFでも半々ぐらいかな
直で来る人と
そうだね
何かしらやってから来る人と
他の場合は特に結構ね
やっぱPET取ってから何年っていうのが
だいぶ聞いてくるから
それはね自分も全然知らなくて
いやこれ聞いてる人で
アメリカ留学考えてる人だったら
KGB取ってできるだけすぐ行った方がいいよ
っていうのはアドバイスとしてあるんでそれ
うんまあこの選択肢は広がりますよね
広がるよね
それはすごい思う
それはね自分もミスったなと
よくラコーション同僚とかにも
なんですぐ来なかったのって言われて
確かにね
いやしかもあんま考えてなかったみたいな
そうなんか全然違う
やっぱなんかあんま日本だと
あんまそういうの知らなくない
いや情報入ってこないですよね
そうだよね
俺もその知らなかったっていうの大きいかな
あと日本とアメリカ全然システム違うから
特にCOVID前とかもう全然
なんかそういう媒体がそもそも
あんまりなかったような気がするんですよね
ああそうだねこういうのもなかったよね
あんま探し合ったんでしょうけど
なかなか
そうだねだから明確にもっとなんかも
海外でポスドックやってとか
海外で大学院やって
海外でなんかポジションゲットしてやる
みたいなのを
その学部の時とかから考えてれば
まあいろいろ自分で調べればそういう
まあいくらでもこういうことは知れたと思うんだけど
自分は別にそんなに考えてなかったかな
けど結構周りがヨーロッパ行ってて
なんでアメリカにしたんですか
うんそうだな
たぶん自分の中でなんとなく思ったのは
やっぱりポスドックが終わって
その後例えばドッグイッドとかっていうことを考えた時に
なんとなくヨーロッパよりアメリカの方が
しやすいんじゃないかなと思ったのと
また単純にアメリカとヨーロッパの
サイエンスとのレベルを比べたとき
やっぱりアメリカの方が見える
まあ分野によると思うんだけど
だと思ったからかな
あんまりヨーロッパは実は見てない
僕もイギリスだけですね
ヨーロッパぐらいしなかった気がするな
言語の壁ですかね
まあそれもあるよね
そうだね確かにそれは確かに考えなかった
そういうのを考える前に
たぶんヨーロッパを選択肢から外してる
けどヨーロッパのいい話結構聞いたんじゃないですか
まあそうね
あんまりちゃんと覚えてないな
秋道先生はFMIすごい良かったって言ってるのは覚えてるな
住む環境としてはヨーロッパの方が良さそうなんですよね
まあそうヨーロッパって言ってもちょっと広いけどね
まあ確かにですね
でもなんかアメリカって思うけど
アメリカで良かったなと思うけどね
いや僕もそう思います
アメリカでもいろいろあるじゃないですか
西海岸東海岸
それは今のJSFのラボに決めてというか
東にしなかった理由とかなんかいろいろあるんですか
いろいろあるかな
アメリカで海外で雑誌を付属しようかなって決めた時に
なんかいろんな人と喋ったんだけど
今でもよく覚えてるアドバイスが二つあって
一つは名前出していいのかな
いいよね
いいよ出しましょう
その時は東大にいた八千恵先生と
今でも結構仲良いんだけど八千恵先生は
そうなんですか
八千恵先生に言われたアドバイスが
その時も婚約してたかな
結婚してたんだっけな
ちょっと細かいの
いやちょっと待ってこれ大事だな
ここちょっと聞いてれば
確かに確かに
これまずいな
それまずいな
いやいやちょっと待って
八千恵先生とあの話をしたのが何年だったかな
2010?
いや多分あれは2018だから
婚約してたの
婚約もしようって決めてた時だから
でその時八千恵先生に言われたのは
その奥さんが非研究者の場合は
別にやりたいテーマとかじゃなくて
奥さんが幸せになれる場所に行けって言われて
それはもうアメリカの場合は大都市だけみたいな
確かにな
ニューヨークかボストンかLAか
分かり間違ってもプリンストンとか行かなくて
こと言われたのをすごいよく覚えてて
それはでも確かにそうだなと思って
だから調べるときに
ある程度大きい都市のあるところの大学しか探さなかった
あともう一個っていうのが
ちょっとこれ名前出さないけど
ある知り合いの人で
ベイエリアで働いてたんだけど
その人に言われたのが
世界でトップの環境でプレイしてみて
働いてみることが大事って言われて
そのアドバイスにしたら
結局ベイエリアの大学
UCSFの研究環境
UCSSとスタンフォードとハーバードとMITにしか出さなかった
カルテッカも出したね
結構西海岸狙い撃ちみたいな感じであったんですね
西かボストンかみたいな
アメリカでもトップ2の地域ですね
そうだね
でもそのアドバイスって結構大事なアドバイスな気がして
それは本当に別にどんな分野に限らず
まずいいところに行ってみて
っていうのがテーマ選びより大事な気がする
いいところ行けば
いいテーマはいくらでも転がってるから
自分が知らないような世界が展開されてるから
それはとりあえずこの流れに入るのが大事
実際にどうでした?UCSF
そうだな
来てみてどう思ったかって
やっぱりこのバイオ
UCSFって日本で言ったら
今はもうなくなっちゃったけど
医科士科みたいなもんじゃん
医学生物に特化
医科士科は薬学ないかもしれないけど
医科士科にどっかの薬科大学くっついたみたいなもんじゃん
でもやっぱ規模が全然違うっていうから
それだけでこんだけでっかい
キャンパスと研究者の人口と
研究のアプローチと課題
研究資金を抱えてるなんてすごいよね
どうですか周りの人は優秀でしたか?
ウェンデル県はねビビるぐらい優秀だね
ウェンデル県は優秀だろ
優秀だね
優秀ってどういう
山田さんが思う優秀って何なんすか?
まずうちにいる子育てとかやっぱ大学院生とか見てって思うけど
いや確実に総大院とかに比べると全然レベルが違うよね
はるかに優秀だと思うけど
優秀の定義は何だろうなぁ
やっぱ単純にやっぱ研究推考能力が高いから
単純にやっぱそこのレベルが全然違う気がする
だからバンバンデータ出してきちゃうみたいな
まあそうだねデータもなんかみんな取るのは早いし
やっぱどうやって論文にするかやっぱ常によく考えてるし
大学院生とかでも
ボスの力も大きいけどね
今のラボにした理由って何かあるんですか?
やっぱざっくりと
いや俺なんかこう話してって思うけど
毎回毎回やることがすごい変わってるなと思うけど
いやそうっすか
今やってることは大学院の時とも
日本で秋道研でやってることと全く関係がないことやってるんだけど
やっぱりせっかくアメリカに来るんだったら
そういうさっきのアドバイスとかを元にすると
新しいことをやろうかなと思って
言うてやっぱり自分としては大学院の時エンジニアリング寄りのことやって
秋道研ではだいぶバイオリジン寄りのことやったけど
そうやってみてやっぱり自分はエンジニアリングのほうが肌に合うかなって
それちょっと秋道先生申し上げないけど
秋道研はすごい良かったんだけど
自分の肌感としてね
ひょっとしてやっぱりテクニック寄りとかエンジニアリング寄り
コテコテのモリキュラルバイオリジンとか生物寄りは
応用を意識したようなところとか
ツール開発してるようなところで考えてて
あれに最初にオファーをもらったのがエンジニアリングの研だった
今やってること教えてもらってもいいですか
今やってることはさっき言った流れとは全然違うことやっていて
ステムセル幹細胞からオルガノイド臓器とかエンブリを作るっていうのが
インビトロで要は体外でそれを作るっていう流れが来てるんだけども
多くの手法って結構その
培地に培養してる系に直接刺激を加えちゃうんだよね
刺激を加えるっていうのはドラッグを加えたり
グロスファクターを加えたりっていうことが
普通はそういうことをやってるんだけども
その場合って結構基本的にはその培地中に存在する細胞が全部刺激を受けちゃうんだよね
そうですね
全部のステムセルが割と特定の方に分化していっちゃう
それって全然その生体内で起こっている発生の仕組みとは違ってて
実際の生体内エンブリオジェニスとかだと
刺激の原点って割とかなり極端的に
数個とか10個とかの細胞が極端的に分泌中してるって
そういうような系を自分たちで再構成しようっていうのが
今やってる研究の大きな流れで
人で起こっていることを人の外でやってみようみたいな感じじゃないですか
そうだね生体内で起こっていることを
自分たちの手で位置から作り上げてみようっていう感じかな
生体内で起こっていること自体はもう自発的に起こっちゃうから
自分たちで言うとコントロールとかできないじゃん
生体内で実際シグナルを出すような細胞の
シグナルを出すタイミングとかシグナルの種類とか
そういうのはコントロールできないんだけど
そこを完全に自分たちの手で置き換えるっていうのが
今自分のラボがいるシンセティックバイオロジーの
結構キーとなる考え方なんで
だから基本的には試薬を加えて
出すシグナルの種類をコントロールしたり
タイミングとか種類とか
インダクションのレベルをコントロールするっていうのが
できるように置き換えてやるっていうのがポイントかな
今までにそういう研究って
なんかやられてそうですけど意外とないんですか
それはいいポイントで
例えばその自分がやってるようなさ
一応今回自分のプロジェクトも
シンセティックオーガナイザーっていう名前にしたけど
スピアマンGOLDのオーガナイザーは
もう100年の歴史があるじゃない
それこそ高校の生物の教科書とかに載ってると思うんだけど
載ってるよね
そういう意味ではその100年の研究の歴史があって
でも結構たぶん自分たちがある意味
その発生とかのバックグラウンドがないからな気がするんだけど
結構それを完全になんか
一から置き換えようっていうような試みって
ほとんどされてないんだよね
結構やりがちっていうか
似たような論文である何個かあるのは
オーガナイザーって基本さ
エンブリオの一部を取ってきて
エンブリオの別の場所にくっつけると
脳ができますみたいな感じだ
ごめん二つ頭ができますみたいなもんだけど
それを想像の元に考えるとさ
インビトロのオーガナイザーの系とかで考えると
エンブリオニックステムセル二つを
アグリゲートを二つ作って
で一個の方になんか自分のターゲットとなるシグナルを
オーバーエクスプレッションさせてくっつけるみたいなことは
何人かやってるんだけど
それって結構実はトリッキーで
やっぱそのステムセルをシグナルのソースに使っちゃうと
ステムセル自身がどんどんどんどん分化してっちゃうし
別になんか自分のターゲットとなるシグナルを
オーバーエクスプレッションさせたとしてもさ
それ以外のシグナルも出るんだよって出しちゃったり
だから目的によるんだけど
それがそれでいろんな応用が考えられるけど
特定の自分がターゲットとなる
ターゲットとするシグナルのグラディエントを
自由自在に作れるかっていうと
ES細胞を使っちゃうとなかなか難しい
完全に自分のターゲットとする系統は
完全に独立した系で作らないと
なかなかエンドの系と混ざっちゃうと難しいから
難しいと思うんだけど
論文提出の経験
それをやってもやろうとした人はあんまいない
ほとんどいない
そういう点ではやっぱ生物学のバックグラウンドを
持って良かったわけですね
そうだね
別にオーガナイザーのコンセプトとか
別にバックグラウンドっていうほどのものは
なくてもいい気がするけどね
確かに教科書レベルではあると
じゃあ結構試行錯誤はされたんですか
だって細胞
オルガノイドの培養とか多分やってないんですよね
やってないやってない
うちのラボでも自分の論文が
STEMCELL使う論文は初めてだからね
そうなんですね
うちのラボでは初めて
だからそういう意味では試行錯誤はあったといえばあったかな
けど意外とすんなりだった感じですか
すんなりそうね
だって山田さん4年今5年目
5年目に入った
4年ちょいで今のSTEMCELLを出されたわけですよね
そうだね
具体的にタイムライン言うと確か3年半
2023年の9月
息子が生まれる2週間後にねサブミットしたんだ
それは今で覚えてる
2023年の9月の中旬にサブミットして
オフィシャルのアクセプトもらったのが
2024年の11月だったかな
8年2ヶ月かかったんか
何もないプリサミッションもらったのは
2024年の9月かな
プリサミッションじゃない
プリアクセプトみたいな
待ち時間が結構長かったな
リビジョンは
結構順調っすね
かなぁかなぁ
ボスの力が大きいかな
やっぱリビジョンとかってやっぱ大変だったって話結構きましたけど
それを練ってる理由はいろいろあるね
それはすごい勉強になったけど
リビアのリスポンスが
エディターはすごい好意的で
ただリビアはミックスな評価で
3人いたけど3人とも全然すぐアクセプトみたいな感じじゃなくて
そこはでもね
当たり前かもしれないけど
ちゃんとしたステムセルのバイオロジスクに
全員いった感じがして
全然エンジニアリングより
ウェンデルの友達みたいな人に行かなかった気がする
そこは結構フェアにやってるんですね
自分の時はそうだったかな
だからいろいろ
こうでもないみたいなことをいろいろ言われたけど
それに対してこうやっていくんだなと思ったけど
まずウェンデルに言われたのが
とにかくリビアはいろいろ言ってるけど
基本的には満足してないから
リビア3人をちゃんといい論文だって
印象付けなきゃダメだっていう風に言ってて
だから基本的にはすごいストーリーの流れを変えたのと
あとは質問の半分ぐらいは
リビジョンで追加した実験のうち
3割ぐらいはリビアの質問にないことを足して
リビア側がある意味思いつかなかったことを追加して
こんなこともできるんだぞみたいな感じで答えてるかな
逆に言うとリビアの質問のうちの3割ぐらいは答えてない
答えてないですか?
答えてない
え?
答えないってパターンでどうやって言い分けするんですか?
答えないっていうのは別に文章で
こうやって説明できるからよくないみたいな
あとはそれが主眼じゃないとか
いや強いな
でもそこは結構大事だと思う
本当にリビアは別に満足してないくて質問してるだけで
寝るに寝って質問してるわけじゃない
別にリビジョン帰ってくることには質問なんて忘れてるから
確かにそうっすね
論文の内容すらも多分忘れてますよね
だから基本的には良いデータを出して
良いアイデアと良いデータで出して
良いストーリーにしてっていうのが大事
セルのコメントってアホみたいに来るじゃないですか
何十個ってきません?
来る来る
でも結構ね
そこはやっぱり多分イニシャルのサブミッションの時よくなかったんだろうなと思うけど
割と3人とも似たようなこと言ってんだよね
3人とも何か含んでるところは一緒っていうか
一緒なのが半分ぐらい
だから確かにパスとすごい多かったけど
実質って意味では
そこはある意味運が良かったかも
レビュアー3人が似たような人たちだったから
不満に思うとか一緒で
あれがバックグラウンドが全然分かれてる人たちだったら
それぞれがそれぞれ不満に思って出してきたと思うから
Cell誌に出すまでの道のり
リビジョン全体ではわちゃわちゃしてたと思うんだけど
そもそも自分の論文がそもそもセルに行くと思った理由は何かあるんですか
どういうものを持ってセルに出そうと思ったんですか
これはね
それ難しいよね
どのレベルになったらCNSに行けるのか
ボスの経験
だから本当に
PIってこういう仕事すんだなと思うけど
全然その論文のデータが揃う前
2022年かな
ぐらいで
別に全然その論文の話とかもしてなかったと思うんだけど
その時は
その時にそのミーティングの後かなんかに
論文にすると
これ論文になる
今のこの表に出てる論文の
1割ぐらいしかまだデータ取ってなかったんだけど
今の論文のフィギュアの1の一部と
フィギュアの後半の方の一部しか出てなかったんだけど
これはいけるってなって
でなんかそのフィギュア作ってみろみたいな感じで
喋ってて
だいたいウェンデルはCNSしか出さないからさ
フィギュア作って最中になんかある時
これセル行こうぜみたいな
見えたんですね
ボスには見えた
俺には全然その時正直に発表したけど見えてなかった
でも多分結果的にウェンデルは正しかった
山田さんも投稿するってなった時には見えてましたか
投稿した時はね
正直どうかな
ちょっとどうかなと思ってた
リビジョンの時は通るかなと思った
コメントまずそもそも書いてこないですか
まずエディター
あとうちのボスは
ボスの前にエディターとワンオワンのミーティングするんだけど
そこでウェンデルが言ってたのは
エディター超個人的だったぞみたいなこと言ってて
やっぱそうなんだな
これは遊ぼうみたいな感じ
適当な反応しちゃったけど
そうだね多分今思えばそれすごい大事
そういう情報っていうのは山田さんにも共有されるものなんですか
どういうこと
今日エディターと話してくるわみたいな
なんかそれはなんとなく言ってたけど
そのエディターとのミーティングには俺は参加してないんだけど
だからどういうふうに喋ってるかまでは俺は知らないけど
聞いてみたいですよね
そうだねそこが一番PIとして大事な部分
一番とは言わないけど結構
PIの仕事の一つは論文を通すことで
エディターとのやり取りだと基本やっぱり
それはボス読とか陰性じゃなくてPIがやるもんだと思うから
リビジョンってよくみんなは言うじゃないですか
退屈だって言うじゃないですか
質問に答えるだけなんで
そういう作業的なリビジョン
けどそこそこきつい質問をされたと思うんですけど
どうやってそのボスとかコラボレーターもいましたよね確か
それはどうやって山田さん自身はオーガナイズしていくものなんですか
しかも早く終わらせないといけないじゃないですか
リビジョンって比較的何年もやってられないと思うんで
いやそうだねそれもなんかおかずさし話しながら
結構ウェンデルがねそこらへんはね
結構マイクロマネージャーで
リビジョンが返ってきて
じゃあこうやって返してこうみたいなときに
こういう流れで返そうみたいなのを
いろいろ考えるんだけど実際
だからそれ手つけないんだよね
それ来てってさ日本のときとか来てって
素直にその質問に対して論文始めた気がするんだけど
リビジョンが来てそうじゃなくて
まずこれどうやって答えていこうかみたいな
作戦会議みたいなのがあって
そもそもそうだねその作戦が決まるのに多分
数週間から1ヶ月ぐらいかかったかな
でもこれでいこうみたいな
だからまずストーリーを変えます
でコアとなる新しいデータとかアイデアを
ここらへんを試しましょうみたいな
ウェンデルがリードして話し合って決めていって
一個のドキュメントにまとめて
その上でウェンデルとフィアとゼノワ
3人のシニアPIが
エディターと面談して
そこで合意を取って
実験スタート
裏回しがあるわけですね
結局多分
多分方向性の確認みたいな
これでいくしこういうところには答えないよみたいな
こういうのは論文のスコープと違うから
本質的には関係ないからこういう方向には行きたくなくて
こういう方向で論文をシェイプしようと思って
なるほどな
でも確かに
多分ウェンデルはどのリビジョンでもやると思うけど
でも確かにエディターから帰ってきた時に
そもそもエディターのメールに全部の質問答えなくていいからみたいな
そこは要相談でみたいなこと書いてある
普通なのかもしれない
そうなんだな
エディター重要なんですね
エディターは超重要じゃない
最終的な決定権を持ってるのはエディターだし
そうですねレビュアーが何と言おうと思う
レビュアーが何と言おうとエディターが取るって言ったら取るし
むしろエディターが取らないって言ったら取らない
レビュアーがいくら好意的でも
最後もリビジョンのプリアクセプトみたいなのもらった時も
1人でレビュアーの2人みたいなのが
全部のストーリーも満足してるし
データも全部答えてきて
すごい綺麗な論文だけど
インパクトはセルじゃないんじゃないみたいなこと書いてあったけど
それはやっぱりエディターが無視してた
2人はいいって言ってるんだから多数決の原則にはそうする
論文の採択が多数決に受けなされてるわけではないと思うけど
エディターがダメって言ったらダメですもんね
でもちょっとレビュアーが
リビジョンとエディターの重要性
インパクトの部分はレビュアーがどこまで反感するのかよく分かんないけどね
いった質問に対して全部答えてそれには満足してるのに
それに加えてまだインパクト足りないんじゃないっていうのは
レビュアーがそこまでありするものなのかちょっと分かんないけどね
イニシャルの時言うのは多少分かるけど
なんかそのリビジョンの中で山田さん的に
僕ら今後論文出すものに対してアドバイスとか何かありますか
いやそうだな
やっぱり思うのはやっぱ論文は
基本的にエディターもレビュアーも
すごい忙しい中読んで反論するわけで
やっぱりたとみて分かるような通り
あと図の作り方がすごい大事
全部の図がやっぱり1分とか2分で理解できるような図じゃないと
各々のフィギュアはね
結構山田さんの論文ってカトゥーン入れてるじゃないですか
模式図みたいなやつ
あれのやっぱりこだわったって感じですか
そうだね
フィギュアはやっぱりすごいこだわってる
最終的にあれ全部本当にウェンデルの配置なんだけど
そうですねボスが結構いじりますね
いじるいじる
やっぱりあのフィギュアも一個一個
多分どれも結構多くのフィギュア3バージョンぐらいあって
一個一個のフィギュアね
だからそれをフィギュアどれを使うかみたいな
ボスと話しながら決める
やっぱりそこでこういうの選ぶっていくんだなと思うのは
やっぱり本当に必要最小限の情報しか載せない
その結論大事なコンセプトを伝えるための
必要最小限なグラフにしか載せない
余計なコントロールとかは逆に切ってダメだよ
余計なコントロールって言い方ちょっと語弊がある
必要ない
必ずしも必要じゃないコントロールのデータとかは切ったりする
確かにボーグラフとか見てて思うけど
あんまりこういうとなんかどうでもよくなってくるよね
特にメインフィギュア
サプリメンタルはあんまそういうの気にしてないけど
メインフィギュアはやっぱり大事な
このフィギュアで伝えたいことをやっぱり
最小限の量で過不足なく伝える
一番やっぱりポスト6からPIになるときは
一番トップジャーナルにどうやって出すかっていうのは
学ぶべきなんじゃないかな
一個一個のフィギュアもそうだけど
フィギュア1から6までのバランスとかもすごい考えてるかな
芸術みたいなものですねもはや
そうだねある意味そうだよね
考えるところはね
一回CNSじゃなくても結構上の論文出す人は
山田さんのセルの論文を参考にしてみたいですね
そうかな読みやすいかなと思うんだけど
読み結構なんか
読みやすいと思います図は見やすいですね確かに
視覚的に分かりますね
結構なんかいろんな人から来るし
なんかうちの高齢のところじゃなくて
うちの同僚のところに話が行ってたらしいんだけど
オックスフォードがケムルッジの人かな
バックグラウンドは全然違うんだけど
俺のセルの論文は
生物の知識が一個もなくても読める
確かにそうかもしれない
そうかも
俺のって言っちゃうから
今回のうちのラボから出たセルの論文は
生物の知識が一個もなくても読める気がする
グロースファクトの中でも
セルの中でも
セルの中でも
セルの中でも
セルの中でも
セルの中でも
セルの中でも
セルの中でも
セルの中でも
グロースファクターの機能さえ知ってれば
いろんなとこから連絡来るもんなんですか
セル出した後とか
そうだね
それなりに来るかな
それなりに来るかな
デビューの以来とか
みんな反応するんですね
そうだね
今回自分が反応であって嬉しかったのは
UCSFの大学院生が
自分たちでジャーナリークラブをやってて
そこに招待された
って言ったんだけど
4人ぐらい
みんなすごい優秀で
すごいモチベーションが高くて
その人たちと来たのは楽しかったかな
やっぱいいな
やっぱいろいろ来るんですね
最後にも
いろいろ告知をしてもらいますけど
告知のやつも
いろいろ依頼が来るみたいな感じですか
そうだね
告知のやつも
セルの論文があってから来たし
あと一個あれは
ディベロップメントのジャーナル
ラッシュが出してる
子育からPIになるセロシ
セロシって言っていいのかな
プログラム一環なんで
それに応募して通ったんだけど
おめでとうございます
ありがとう
それも多分セルの論文がなかったら
あれに選ばれてないかな
そういうのがあるんですね
ネットワークとサポートの構築
結構あるんじゃないかな
これたまたま見つけたんだけど
そのプログラム自体は
ディベロップメントっていうジャーナルが
主催してるプログラムで
もちろんお金とかはくれないんだけど
ディベロップメントの分野でやっていて
PIになろうとしてる人向けに
サポートしてますよっていうプログラムがあって
何が返事をしてもらえますか
まだ始まったばっかりなんだけど
まず一つはディベロップメントが
持ってるネットワークに
アクセスできるようになる
だから毎年
これ2年前ぐらいに始まったやつだと思うんだけど
毎年7人ぐらいのフェローが選ばれるんだけど
それが同僚とか先輩と繋がれ
ネットワークが繋がれるっていうのと
あとはディベロップメントでやってた
結構楽しめたプロフェッサーたちがやってるけど
その人たちがメンターになって
いろいろファッカルティージョブのプロセットを
手伝ってくれるっていうのと
Cell誌に論文を出す意義
あとは最後告知でも出すけど
セミナーとか
ディベロップメントがしているセミナーとかに
呼んでくれる
あとは中学か何かに
ディベロップメントがあるケンブリッジで
ワークショップがあって
インタビューの練習とか
あとはリーダー
PIになってリーダーになりますね
そういうセミナーみたいなのがある
おだしょー いいっすね
そういうの結構あるんだなと思って
そういうのはセル出す前から探してたんですか
いやいや 出してから
今年の1月にサブミットしたかな
3月に選ばれた気がする
おだしょー すげえな
今年はディベロップメントって
イギリスの雑誌だから
俺以外全員ヨーロッパなんだよね
アメリカの人俺だけ 今回
そうか 山田さんの一応というか
発生生物ではありますもんね
一応ね 一応そうだね
大きく作れば発生生物だけど
発生生物だと何も絡んでこなかったけど
今週の配信はここまでです
この続きは日本時間
8月8日金曜日に公開予定です
最後に山田さんからの告知です
3つ 1つは
この4月の実験医学の
多細胞の合成生物学っていう
大阪大学の寅先生が
確か編集してるほうに
今回自分の論文の内容を
日本語で解説したのがあるので
もし論文に興味がある人は
日本語の記事は多分それしかないので
それを読んでいただけると
いいかもしれない
あとは2つはセミナーで
まず8月にあるのが
これが本当にさっき言ってた
ディベロップメントのジャーナルが
主催しているセミナーで
これもセロに受かったから呼ばれたんですけど
ディベロップメントプレゼントメディナー
っていうのがあるので
これは多分英語でやって
おそらく録画されるから
その日見なくても多分大丈夫だと思って
もしよかったら
多分10分とか15分
すごく短いやつなんですけど
あるのでもし興味があれば
ぜひ聞いてください
最後は日本で発表するのが
今年の冬の分析で
日にちまだわかってないんですけど
電脳性細胞における
細胞運命制御機構
っていう新補充で
招待されたんでそこで喋ります
12月3日から5日まで
パシフィコ横浜でやります
すごいですね
やっぱ招待されるんですね
招待されます
それこそ昭光県の時に
知り合いになった人から呼ばれた
山田さんとコミュニケーション取りたい人は
分析行ったら会えますね
そうですねもし仮に
直接お会いしたい人がいたら
分析で会うのが一番楽かもしれない
日本に行く人
7月の実は日本で
今後のセミナーと発表
何個か新補充をスミナで話すんだけど
これ8月だもんね
それはちょっと告知できないけど
分析は一番でかい学会なんで
そうですね
結構自分も分析出るのは
いつ以来だろう
なかなかアメリカにいたら出ないっすね
出ないね
そこは楽しみに
多分ずっといると思うんで
まあいいっすね日本にも帰れるし
そうね
この時期就活とか限りそうじゃない
確かに12月は
そうね
ずいぶんオンラインインタビューの時期かな
と思うから
ちょっととんぼ返りになるかもしれない
学会中は
山田さんとしゃべるチャンスがある
そうだね逆に言うと
学会にしか行かない感じ
って感じだから
ぜひ聞いてる方で
合成生物学とかそういうのに興味がある方
ぜひですね
ぜひ山田さんと
UCSFとかに留学考えてる人もそうですし
そうですね
ある程度助けられることがあるので
ぜひ話してみてください
57:58

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